Der Main-Tauber-Kreis ist in die zwei Baubezirke "Nord" und "Süd" aufgeteilt.

Der Baubezirk Süd umfasst folgende Städte und Gemeinden: Assamstadt, Boxberg, Creglingen, Igersheim, Königheim, Niederstetten und Weikersheim.

Die baurechtliche Zuständigkeit umfasst nicht die Große Kreisstadt Bad Mergentheim, die eigene Baurechtszuständigkeit besitzt.

Im Baubezirk Süd werden weitreichende Aufgaben des Baurechts wahrgenommen: Darunter fallen unter anderem Baugenehmigungsverfahren, Bauvoranfragen, Kenntnisgabeverfahren und sonstige Bauangelegenheiten, Verwaltungsvollstreckung, Petitionsverfahren, Ordnungswidrigkeitsverfahren, Allgemeine Bauaufsicht und Bauüberwachung, Abnahme von Bauvorhaben sowie Verwaltungsgerichtsverfahren und die Koordinierung externer und interner Verfahren mit baurechtlichem Bezug. Im Vorfeld und während laufender Verfahren werden Planungsbüros, Städte und Gemeinden sowie Privatpersonen bei ihrem Planungsvorhaben beraten.

Außerdem obliegt den Mitarbeitern in den beiden Baubezirken "Nord" und "Süd" des Bauamtes wie bisher die Beratung und baurechtliche Bearbeitung von Baugesuchen nach der Landesbauordnung sowie im Bereich der "Erneuerbaren Energien". Hier ist insbesondere die Bearbeitung von baurechtlich genehmigungspflichtigen Biogas- und Photovoltaikanlagen sowie immissionsschutzrechtliche Genehmigungsverfahren für Windkraftanlagen zu nennen, ebenso die Überwachung und der Vollzug des Wärmegesetzes des Bundes (EEWärmeG).